El Bautisterio de nuestra Basílica, fue bendecido por su Eminencia el Cardenal Santiago Luis Copello, el martes 19 de marzo de 1957, en ocasión de la Solemnidad de San José, nuestro Patrono. Es de estilo románico y su planta se compone de una capilla a base cuadrada y de un ábside terminal. Está constituído por cuatro arcos perimetrales, con esculturas que sostienen la bóveda ornamentada con motivos pictóricos de época. En el centro del techo, se destaca el Espíritu Santo con rayera sobredorada, asistido por cuatro ángeles orantes pintados en la bóveda.
En el arco frontal, visto desde el Camarín contiguo, y ostentando una rica decoración esculpida, sobre tarima de granito se eleva la pila bautismal; una columna cuadrilobada de mármol "breccia aurora", sobre la que descansa la copa del mismo material adornada por esculturas en todo su alrededor, y cubierta con una tapa de bronce finamente cincelada. esta pila tiene como fondo en la pared, un mosaico veneciano con motivo en brocato de oro, sobre un fondo púrpura.
En el ábside está ubicado, sobre una grada de granito, el pequeño altar de mármoles polícromos, siguiendo la inspiración de las primitivas basílicas cristianas.
La bóveda sobre el altar, sobre un fondo de oro, presenta un motivo característico del siglo XII: el Redentor sentado en el trono acompañado por los símbolos apocalípticos de los Cuatro Evangelistas. El friso lleva una inscripción latina de la sagrada Escritura relativa al sacramento del Bautismo.
El acceso desde el Camarín, es a través de un arco cerrado por artística reja baja de hierro forjado. La decoración original ha sido efectuada por el Sr. Cirilo Kathov, siendo Párroco Monseñor David Auleta.
Fueron costeadas las obras por las familias Ardohain, Dufau, Etcheberry y Marugo, en memoria de sus familiares difuntos.
El Bautisterio fue restaurado por el Sr. Jovkhiy Nicolás en 1997. Asimismo son obras de él, las pinturas originales que están en el Camarín de San José: son tres pinturas puestas, dos en las paredes laterales y una en el techo más cerca del altar.