Hacia el año 1830 asume en Flores el Dr. Martín Boneo, (en reemplazo del padre Nicolás Herrera) quien se pone como objetivo la edificación de un nuevo templo que se adapte a las necesidades del lugar y más acorde con el auge que estaba tomando la zona.
El 10 de octubre de ese mismo año se colocó la piedra fundamental de otra Iglesia, con asistencia del Obispo Medrano y Cabrera y la presencia del gobernador Juan Manuel de Rosas, padrino de la solemne función, dado que era amigo personal del párroco Boneo.
El proyecto los planos fueron realizados por el ingeniero Felipe Senillosa quien dirigió la obra en forma gratuita.
La Iglesia tenía un largo de 36 metros por 15 metros de ancho por 8 de alto. Dos líneas de pilastras, divididas por arcos, separaban el centro de las naves laterales, dos torres y un pórtico de seis columnas daban belleza y armonía al conjunto. Aunque faltaba terminar el pórtico y una de las torres, el P. Boneo resolvió inaugurarla, y el 11 de diciembre de 1831 era consagrada la primera Iglesia con que contó el partido de San José de Flores.
Inaugurada la Iglesia, el cura provisorio se esforzó en dar término a las obras no concluidas; y no logrando reunir los recursos, solicitó a las autoridades eclesiásticas, la facultad para enajenar los terrenos de propiedad de la Iglesia que circundaban al templo y con su producto, proseguir los trabajos hasta su finalización.
Este templo antiguo, tan repetido su frontis en los libros de historia, lamentablemente se deteriora progresivamente a pesar de las constantes refacciones.
La Segunda Iglesia
El 1° de noviembre del año 1806 se inicia la construcción de un templo que respondiese a las exigencias de las funciones parroquiales, en la esquina de las actuales Rivadavia y Rivera Indarte: era una precaria construcción de ladrillo, paja, maderas y ramas (una especie de sacristía). Además se construyeron como complemento de esta obra, una sala y un rancho.
Al finalizar el año 1808 fue necesario refaccionar gran parte de la obra; el cura de entonces, presbítero Miguel García, resolvió promover nuevos trabajos para la construcción de un templo.
El 19 de febrero de 1810 comenzaron a echarse los cimientos de la nueva Iglesia, en una extensión aproximada de 8,5 varas de frente por 20 de fondo, pero cuando todo parecía marchar bien, el 12 de mayo de 1810 los trabajos tuvieron que suspenderse.
Casi un año después, el 18 de febrero de 1811 recomenzaron los trabajos, quedando nuevamente suspendidos el 10 de mayo de ese mismo año. No lográndose darles término, el presbítero García se vio obligado a establecer la Iglesia en uno de los corredores contiguos al edificio en construcción, y durante dos décadas se mantuvo en ese lugar.
Y fue aquí cuando el General Belgrano con sus tropas rumbo al norte, se detuvo para orar y pasar la noche del 24 de enero de 1812.
El templo cuya construcción promovió el presbítero García en 1810 se hallaba ubicado con frente a la actual calle Rivadavia, casi sobre la intersección de Rivera Indarte; probablemente el espacio que mediaba entre la puerta de la Iglesia y la línea de la calle, estaba destinada al respectivo atrio.
Al paralizarse las obras en 1811, el templo se encontraba aún sin techo, pero con algunas paredes levantadas por el costado y cerradas las dos capillas que quedaban a ambos lados; y en ese estado permanecieron las obras durante largos años, sufriendo deterioros tales que provocaron su completa destrucción. En vista de esto, el gobierno de Rivadavia decretó en 1823 emprender a su costa, la edificación de un nuevo templo parroquial, proyecto que nunca se concretó.
La Primera Iglesia
En el año 1878, más precisamente en abril, se hizo cargo de la Parroquia el padre Feliciano de Vita, quien encaró la construcción de un nuevo templo para reemplazar el edificado por Senillosa, ya que por un lado su capacidad no alcanzaba para albergar a toda la gente y además estaba fuera de tono con las grandes residencias que ya se habían construido en los alrededores por parte de las familias acaudaladas de la zona. estas mismas fueron las que colaboraron con generosos aportes al proyecto.
Así el 4 de mayo de 1879 se colocó la piedra fundamental del nuevo templo.
Casi dos meses después, el 23 de julio de 1879, los arquitectos Benito Panuzi y Emilio Lombardo, encargados de la obra, daban por concluidos los planos, colocando los primeros ladrillos del actual templo, y desde entonces los trabajos para la recolección de fondos tuvieron que redoblarse.
La comisión encargada de estos estaba compuesta por las siguientes personas: Ángela Dorrego de Ortiz Basualdo, presidente; Carmen Díaz Vélez de Cano, vicepresidente; Teresa R. Freso, tesorera; Enriqueta Terrero, secretaria; Antonio Marcó del Pont, presidente, Feliciano De Vita, cura vicario, presidente honorario; José Luis Amadeo, tesorero; R. Ruiz de los Llanos y Luis O. Basualdo, secretarios.
El 18 de Febrero de 1883, después de 3 años y 9 meses de lucha continua, la actual Iglesia de San José de Flores era inaugurada y bendecida por Mons. Federico Aneiros, en medio de una gran celebración popular, los padrinos del templo fueron el Sr. Gobernador Dardo Rocha y la Sra. Felisa Borrego de Miró.
He aquí las palabras con que La Prensa del 19 de Febrero de 1883, da cuenta de este acontecimiento:
"No se borrará fácilmente de la memoria del vecindario de Flores la fiesta del Domingo".
"Todo contribuyó a que la ceremonia fuese agradable y espléndida".
"Desde bien temprano el repique de campanas y el movimiento inusitado que se advertía en Flores, daban a entender lo que se esperaba".
"La ceremonia religiosa fue precedida de las naturales impaciencias en un público tan numeroso y que cada vez recibía mayor contingente en tranways, ferrocarriles y carruajes particulares".
"Las bandas de música de artillería, del 7 de línea y del batallón de marina llegaron al pueblo a las 10 y media".
Ya se encontraba alojado en la casa del cura el Arzobispo y se aguardaba solamente al padrino, que lo era el Gobernador, para dar principio a la ceremonia".
"Muy cerca de las doce, la madrina, Sra. Borrego de Miró, acompañada por el Dr. Rocha y la comitiva entraban al templo".
"El interior de la Iglesia ofrecía un aspecto entre juguetón y severo".
"Por una parte una inmensa cantidad de hermosos ramos de flores, que no obstante su fragancia, no podían ocultar el olor a cal húmeda que aún despedían las paredes".
Fue elevada a Basílica menor, el 20 de enero de 1912 por el papa San Pío X, siendo párroco Don Daniel Figueroa, quien decora y embellece el templo tal como hoy lo contemplamos. Asimismo fue en ese año y con tal motivo, que llegaron desde Roma la imagen de Santa Columba, virgen y mártir, y las reliquias insignes que en su interior se conservan, obsequio de Mons. Sardi, obispo de Agnani.
En 1916, el 1° de julio, la Basílica fue dedicada como templo a Dios Nuestro Señor.
En el año del 150° aniversario, el 28 de octubre de 1956, en medio de grandes festejos, la hermosa imagen de San José que preside el altar mayor del templo, recibió la coronación pontificia, por especial distinción del papa Pío XII, siendo párroco Mons. David Auletta, inaugurándose al mismo tiempo el Camarín de San José y el Bautisterio.
Entre los años 1996 y 1997, el Camarín de San José vio acrecentada su belleza por la serie de tres pinturas realizadas por artistas ucranianos y la restauración efectuada.
Este templo casi bicentenario albergó a grandes personajes de las distintas épocas y sobretodo nos sigue convocando a todos los que nos encomendamos al amparo de San José, quien fue y es modelo de paternidad
La Iglesia Actual
Historia del Templo
Hablar de los orígenes de la Parroquia San José de Flores es remontarse muy atrás en el tiempo, hasta llegar a la época de la colonia. Sin duda alguna son pocas las Parroquias que pueden contarse con una historia que fue desarrollándose como la misma historia patria.
El dueño de estas tierras era Don Juan Diego Flores, quien al morir las dejó en herencia a su hijo Ramón, y éste, en el año 1806, siguiendo el consejo de su administrador Antonio Millán decidió fraccionar la parte central de su propiedad, la cual era atravesada por el camino Real (Avda. Rivadavia), en pequeños lotes.
En la misma época el obispo Benito Lué y Riega realizaba una visita pastoral por la campaña, comprobando la falta de asistencia religiosa de los pobladores de la región.
El hecho fue que Ramón Flores del loteo antes mencionado dona a la Curia de Buenos Aires una manzana para la construcción de una Iglesia, y otra, al Estado para la formación de una plaza. La donación fue rápidamente aceptada por el obispo quien mediante auto del 31 de mayo de ese año creó el curato bajo la advocación de San José, para lo cual contó con la anuencia del Virrey Sobremonte.
Se puede afirmar sin equivocaciones que lo que conocemos hoy como Barrio de Flores, creció a partir del foco que fue la Parroquia, prueba de esto es que las ventas de los lotes comenzaron recién en 1808 y no con demasiado éxito.
En este caso se cumple también la regla según la cual Iglesia y plaza aseguran el nacimiento de nuevos pueblos.